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MinION
Un sequenziatore di DNA portatile potrà essere utilizzato per distinguere tra particolari ceppi di batteri e virus in appena sei ore, secondo uno studio pubblicato questa settimana in GigaScience.
MinION -questo è il nome del dispositivo progettato da Oxford Nanopore Technologies– è il primo dispositivo di sequenziamento con nanopori prodotto per un utilizzo indipendente. Il sequenziatore alimentato tramite USB contiene migliaia di pozzi, ciascuno contenente nanopori, stretti canali proteici capaci di far passare un solo filamento di DNA. Quando il DNA entra nei canali, ogni base produce una firma elettronica unica che può essere rilevata dal sistema che, a sua volta, fornisce una lettura della sequenza del DNA.
Per testare l’applicabilità del dispositivo per il rilevamento di malattie in aree remote, i ricercatori di Edgewood Chemical Biological Center nel Maryland, Defense Threat Reduction Agency in Virginia e Signature Science hanno usato il MinION per sequenziare campioni noti di DNA amplificato del batterio E. Coli e di tre poxvirus.
Per mezzo di una prima amplificazione del DNA, prima di eseguire il test attraverso il dispositivo, gli scienziati sono stati in grado di superare il tasso di errore del 30% segnalato con MinION per la corretta identificazione dell’E. Coli, sebbene non il ceppo specifico
I ricercatori hanno scoperto che i dati del sequenziamento a nanopori potrebbe essere anche usato per distinguere tra cowpox, ceppo MVA e Lister, nonostante i due ceppi siano identici tra di loro per il 98 percento.
I nostri risultati sono molto importanti perché abbiamo per la prima volta comunicato alla comunità che questa tecnologia può essere incredibilmente utile al suo stato attuale – ha affermato il coautore dello studio Andrew Kilianski dell’Edgewood Chemical Biological Center in un comunicato.
D’altra parte però, come spiegano gli autori, attualmente, la necessità di amplificare il DNA per creare un campione rilevabile è un grosso ostacolo, e il metodo può non funzionare su campioni più complessi che comprendono DNA “ospite”.